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Modele grille yams

Pour obtenir l`annotation la plus informative et la plus complète, toutes les séquences unigéniques assemblées ont été comparées à la protéine non redondante NCBI (NR), au jeu de données protéique Arabidopsis thaliana de NR (ATNR), à l`ontologie génique (GO) et à l`Encyclopédie des gènes de Kyoto et Génomes (KEGG) de BLASTX (e ≤ 1,00 × 10 − 5). Sur les 125 123 unigenes, 60 020 (49,5%) représentaient une correspondance significative avec des gènes codant des protéines ou une fonction putatif dans au moins une de ces bases de données publiques (tableau 2), alors que 50,5% d`unigènes ne pouvaient pas être annotés à des régions codantes prédites avec des fonctions inconnues chez d`autres espèces. En comparaison avec les publications précédentes pour l`igname et d`autres espèces végétales non modèles [31, 32], le faible taux d`unigènes annotés indiquait que les unigènes assemblés, en particulier les séquences sans un succès homologue significatif, étaient potentiellement de nouveaux gènes des séquences non encore rapportées dans d`autres cultures. Lau puise son inspiration dans une métaphore bouddhiste qui conçoit l`univers comme une grille composée de perles. Chaque perle et sa réflexion est un modèle de toutes les autres perles, le modèle de l`univers tel qu`il est contenu dans ces perles s`étendant donc infiniment. Cette métaphore se retrouve dans l`agencement quadrillé de l`appartement de l`artiste, ainsi que dans le contraste frappant entre les cadres blancs et les projections lumineuses affichées dans l`immense espace de la fonderie. En outre, étant une espèce non modèle, il y a un manque de ressources génomiques, en particulier, des informations sur les marqueurs SSR pour la reproduction assistée par marqueurs (MAS) de l`igname. Une étude antérieure sur l`hérédité génétique a révélé que certains traits importants (comme la résistance) sont contrôlés par un seul locus dominant dans l`igname [24]. Les marqueurs géniques-SSR semblent être étroitement liés à des fonctions génétiques spécifiques et peut-être même jouer un rôle direct dans le contrôle des traits importants [25, 26]. Des études récentes ont démontré la variabilité des accessions cultivées d`igname en termes de forme, de couleur, de goût et de rendement des tubercules [27, 28]. Cependant, des connaissances très limitées sont disponibles sur les régions génétiques associées à ces variations, en particulier les marqueurs SSR ou SNP pour les gènes importants [29, 30]. Par conséquent, l`identification des marqueurs SSR du transcriptome de l`igname est cruciale pour l`avenir des programmes de sélection assistée par marqueurs. Récemment, l`analyse transcriptomique basée sur la technologie de séquençage de nouvelle génération (NGS) est apparue comme une méthode extrêmement puissante pour identifier les nouveaux gènes associés à la biosynthèse de divers métabolites secondaires chez des espèces végétales non modèles [16, 17].

Spécialement, il a été largement appliqué pour étudier les mécanismes moléculaires de la variation des couleurs dans les espèces végétales telles que le bleuet [18], le raisin [15], le Brassica juncea [19], et la pomme de terre [20].

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